Posizione originariamente prevista del dipinto. Doveva essere collocato dietro uno schermo del coro, di fronte a un crocifisso attaccato allo schermo. La Vergine e Gesù bambino avrebbero guardato la crocifissione, con la Vergine testimone della tortura e dell'eventuale morte che sarebbe caduta su suo Bambino, e con Gesù bambino guardando nel proprio futuro per mano dei soldati romani. È a questa scena della crocifissione che anche San Sisto indica e non a noi, lo spettatore. Con tutto ciò preso in considerazione, le espressioni spaventate e rattristate sono ora comprese. Quasi come una lezione sulla natura pericolosa di guardare nel proprio futuro. Un altro aspetto degno di nota di questo dipinto sono i due pittoreschi angeli alati, detti putti o cherubini, appoggiati sui gomiti e che ammirano i tre individui che li sovrastano. Questi due cherubini hanno raggiunto il proprio tipo di fama, apparendo spesso su tutto, da francobolli, vestiti e riviste a - se lo diciamo noi stessi - calzini piuttosto attraenti. La loro origine è diventata anche una sorta di leggenda con alcune persone che dicono che quando Raffaello dipingeva la Madonna, i bambini del suo modello entravano a guardare e colpito dalla loro postura, li aggiungeva al suo lavoro. Altri dicono che Raffaello si sia ispirato a due bambini che ha incontrato per strada quando li ha visti "guardare malinconicamente nella vetrina di un fornaio". Qualunque racconto possa essere vero, sembra che l'arte imiti davvero la vita.